大理州政府大力支持民营企业参与到洱海保护治理中，以企业为载体，实施了利用畜禽粪便生产生态有机肥的重大科技项目。不仅有效解决了洱海周边畜禽粪便造成的污染，实现了变废为宝，还为农民增加了可观的经济收入。
洱海流域源头的洱源县及大理市上关镇，历来就是典型的粮经作物和畜牧业养殖的主产区，畜禽粪便成为洱海水的主要污染源之一，给洱海水质的提升带来了巨大的压力。据不完全统计，洱海流域饲养有奶牛10万头、生猪30万头、家禽300余万羽，每年产生的畜禽粪便上百万吨。
怎样解决畜禽粪便对洱海的污染，成为政府和科技环保部门一直关注研究的大事。在不断摸索并取得一定经验的基础上，大理在今后3年计划投资3.25亿元，实施以畜禽粪便为主要原料，通过有氧发酵、无害化加工等工艺流程，生产生态有机肥项目，并将产品推广应用到发展洱海流域生态农业的具体实践中。其中，在大理市投资1.86亿元，在洱源县投资1.39亿元，计划在凤仪镇建设加工厂1座，在大理市建立一批“绿鼎”畜禽粪便固液分离机畜禽粪便收集站，在上关镇建设畜禽粪便处理场1座及配套的清运系统。在洱源县建设两个畜禽粪便收集站，在右所镇建设畜禽粪便处理场1座及配套的清运系统。就近就便收集处理牛粪之后，集中进厂加工成有机肥还田，最终达到年产15万吨有机肥、10万吨复合肥、5万吨生物菌肥生产规模，年处理各种畜禽粪便及废弃物80万吨以上。
据悉，大理州目前已建成占地170亩的凤仪加工厂；已建成的上关收集站、湾桥收集站、凤仪收集站开始投入运营。3个收集站可日处理牛粪近580吨左右，截至2012年7月底，3个收集站共收集各种畜禽粪便9.2万多吨。
生态有机肥项目实施以来，每年可处理洱海流域畜禽粪便及其他废弃物80万吨，有效解决了含氮、磷有机物对洱海造成的污染。项目的实施促进了农民增收，云南顺丰生物科技肥业开发有限公司按平均每吨畜禽粪便100元收购，每年可为养殖户带来几千万元的经济收入，实现了资源良性循环利用，解决了长期困扰畜禽粪便对洱海的污染以及畜牧业发展空间的难题。
